La zona dell'Abbazia delle Tre Fontane venne identificata nel II-III sec. d.C. come il luogo del martirio dell'apostolo Paolo, avvenuto nel 67 d.C. Il titolo "Tre Fontane" deriva dall'antica tradizione cristiana secondo cui la testa di San Paolo, dopo la decapitazione, rimbalzò per tre volte dando origine ad altrettante fonti d'acqua. Non mancano però alcune tradizioni più antiche che indicherebbero come luogo dell'esecuzione una tenuta patrizia sulla Via Ostiense (la villa di Lucina), dove San Paolo sarebbe stato sepolto e dove in seguito sarebbe sorta la Basilica di San Paolo fuori le Mura.