Il Museo di Storia Naturale dell'Accademia dei Fisiocritici, frutto di due secoli di acquisizioni e donazioni, è uno dei più antichi e importanti musei scientifici della Toscana. Ospitato in un monastero camaldolese, espone raccolte di reperti naturalistici e storici, strumenti d'epoca e curiosità, in un allestimento del tutto simile a quello ottocentesco. Il Museo è organizzato in quattro sezioni principali e occupa i due piani dell'edificio sviluppati intorno alla corte centrale, un ampio seminterrato e un piano rialzato con mansarda. Nella corte interna si trova il reperto divenuto l'emblema del Museo: uno scheletro di balenottera lungo 15 metri.