Caratterizzato dai due chiostri e dalla chiesa, Sant'Agostino rappresenta perfettamente in un unico ambiente la ricchezza e la complessità della decorazione pittorica ancora ammirabile a Bergamo. In particolare, importantissimo è il soffitto, suddiviso in ben 1632 riquadri dipinti a tempera nella seconda metà del Quattrocento: vi si incontrano i soggetti più diversi, da semplici animali ai Beati dell'Ordine Agostiniano, e poi profeti, santi, figure allegoriche o decorazioni. Sull'altare maggiore si trova un polittico, opera del cosiddetto Maestro del 1458, in parte custodito presso l'Accademia Carrara, una delle prime testimonianze della penetrazione del linguaggio rinascimentale di matrice foppesca nella città.