La storia del Museo delle sinopie ha un'origine curiosa. Nel 1241 alcuni cardinali che dovevano recarsi a Roma per deporre l'imperatore Federico II, furono imprigionati dalla flotta ghibellina pisana. In seguito a questo grave fatto, papa Gregorio IX scomunicò l'intera città. Per convincerlo a revocare la scomunica, i pisani, come atto di penitenza, si misero a costruire l'Ospedale di Misericordia, dove attualmente è ospitato il Museo delle Sinopie.