Dal cortile del Palazzo Arcivescovile, attraverso il portico cinquecentesco, si accede al Museo Diocesano di Spoleto, ospitato nell'ala del piano nobile del palazzo, detta Appartamento del Cardinale. La vasta raccolta di opere, riconosciuta da critici e studiosi fra le più interessanti dell'Italia centrale, si fregia di notevoli dipinti che vanno dal XIII al XIX secolo, fra cui spiccano le opere di Filippino Lippi, Domenico Beccafumi, del Cavalier d'Arpino e Sebastiano Conca. La raccolta di sculture presenta una ricca varietà di stili e materiali: dai gruppi lignei romanici del XIII secolo all'Urbano VIII in bronzo del Bernini ed ancora al San Filippo Neri, attribuito all'Algardi. Inoltre sono presenti una notevole raccolta di paramenti liturgici, con manufatti risalenti ai secoli XIII-XIV e le collezioni di suppellettile in metalli preziosi.