Villa Madama prende il nome da "madama" Margherita d'Austria, moglie di Alessandro de' Medici, che diede il nome anche a Palazzo Madama, attuale sede del Senato. Figlia naturale dell'imperatore Carlo V, Margherita d'Austria fu duchessa di Firenze, duchessa di Parma e Piacenza e governatrice dei Paesi Bassi spagnoli.